学院拥有江苏省优势学科1个（基础医学），一级学科重点学科1个（基础医学）、二级学科重点学科1个（免疫学）。现有基础医学博士后流动站、基础医学一级学科博士学位授权点和一级学科硕士学位授权点。

学院的基础医学学科队伍在江苏省一期优势学科项目“血液转化医学”建设中发挥了重要作用，为项目完成建设作出了贡献；2014年初，省优势学科二期项目“系统生物医学”（重点序列学科）获得批准，总经费1000万元（资助周期四年），于2018年初顺利通过验收；2018年，“基础医学”获批江苏省优势学科三期项目，总经费2000余万（资助周期四年），为学院的学科建设奠定了进一步发展的基础。

与基础医学学科相关的学科领域生物学与生物化学、神经科学与行为科学、分子生物与遗传学、免疫学、微生物学分别于2013年、2017年、2018年、2019年、2020年、2023年跻身ESI全球排名前1%。